Suốt nhiều năm liền giảng dạy cô luôn đạt danh hiệu giáo viên dạy giỏi cấp thành phố. Đặc biệt, năm 1996-1997, cô vinh dự đoạt giải Nhì giáo viên dạy giỏi cấp tỉnh. Thế nhưng năm 1998, khi căn bệnh ung thư xương khiến cô mất đi một chân và không thể đứng lớp. Chính nỗi đau này đã làm đảo lộn cuộc sống và công việc của cô. Bằng nghị lực phi thường cùng với tình yêu thương, cảm thông, chia sẻ của gia đình, bạn bè và đồng nghiệp đã giúp cô Phụng vượt qua nỗi đau để trở lại với trường, lớp. Nhằm tạo điều kiện giúp cô tiếp tục cống hiến, Phòng giáo dục Tp. Phan Rang-Tháp Chàm đã sắp xếp cho cô làm công tác văn thư ở trường. Mất một thời gian dài, cô Phụng làm quen với công việc mới, hoàn thành tốt nhiệm vụ, được nhà trường đánh giá cao.
Cô giáo Ngọc Phụng làm đồ dùng dạy học cho các bé.
Hè năm 2004, cô giáo Phụng là một trong 3 đại biểu của tỉnh vinh dự được ra Hà Nội tham dự Hội nghị biểu dương người tàn tật và trẻ em mồ côi lần thứ nhất. Chưa dừng lại ở đó, năm 2009 tai họa lại tiếp tục đỗ ập lên gia đình, khi đứa con trai lớn đang học năm thứ hai, Trường Đại học Hồng Bàng bị tai nạn giao thông qua đời. Nỗi đau bệnh tật vừa mới dịu thì nỗi đau mất con ập đến khiến cô quá tuyệt vọng. Một lần nữa, cô phải cố gắng gượng lên để sống vì những tình cảm gia đình, bạn bè, đồng nghiệp đã dành cho cô. Gói lại nỗi đau, cô dồn hết sức mình vào công việc. Giờ đây, sau giờ hành chính, cô Phụng lại ngồi vẽ tranh và làm dụng cụ hỗ trợ dạy học cho giáo viên mầm non. Cô Ngọc Phụng chia sẻ: “Giờ tôi không thể trực tiếp đứng lớp được nhưng khi thấy các cháu vui chơi, cười nói của các em đã giúp tôi có thêm lạc quan, nghị lực để vươn lên trong cuộc sống”. Với đôi chân không lành lặn nhưng bằng tình yêu trẻ, lòng nhiệt huyết với nghề , hằng năm cô Ngọc Phụng luôn đạt Lao động tiên tiến của trường. Biết được hoàn cảnh của cô Ngọc Phụng, cô giáo Nguyễn Thị Thu Hà, giáo viên Trường Tiểu học Tấn Tài 1, Tp. Phan Rang Tháp Chàm đã viết bài thi “Số phận và nghị lực”. Bài thi viết về cuộc đời cô giáo Ngọc Phụng vinh dự đoạt giải Khuyến khích toàn quốc về “ Những tấm gương phụ nữ Việt Nam tự tin- tự trọng - trung hậu - đảm đang”.
Cô giáo Lê Thị Lý, Phó Hiệu trưởng Trường Mầm non Sơn Ca, xúc động chia sẻ: “Vượt lên mặc cảm khuyết tật, những khó khăn trong cuộc sống, dám nghĩ, dám làm, cô giáo Trần Thị Ngọc Phụng là tấm gương phụ nữ đầy nghị lực để chúng tôi noi theo. Dù trải qua bao chông gai cuộc sống nhưng cô luôn vui vẻ, hòa nhã với đồng nghiệp và hết lòng yêu thương trẻ”.
Mỹ Dung